Na stičišču diagonal zavodske stavbe, torej v njeni sredini, se nahaja velika zavodska kapela, posvečena sv. Stanislavu Kostki. Prvotno je bila kapela od vseh prostorov najbolj bogato opremljena. Skozi zgodovino se je zelo spreminjala in današnja kapela je od prejšnje podedovala samo obliko, medtem ko je vsa notranja oprema nova. V njej se vsak večer med tednom ob 18.30 obhaja daritev sv. maše, kakor tudi ob vseh večjih cerkvenih praznikih za celoten zavod.

V prezbiteriju je p. Marko Ivan Rupnik s sodelavci iz Centra Aletti izdelal veličasten mozaik. Osnovna ideja umetniške stvaritve je novo življenje, ki ga daje Sv. Duh. Umetnik izhaja iz Ezekijelove prerokbe, da bodo mrtve kosti oživele, in v perspektivi te prerokbe bere stoletno zgodovino Zavoda sv. Stanislava. Trpljenje, ki je zaznamovalo ta kraj med in po drugi svetovni vojni, rojeva nove sadove. V središču mozaika je ponazoritev velikonočne skrivnosti: preko smrti vodi pot v novo življenje.

"Cerkev je prostor, kjer se premaga smrt, kjer v vstalem Kristusu lahko najdemo smisel še tako absurdnega trpljenja tistih, ki so vanj zaupali. S tem prizorom pa se pokaže, da je Cerkev prostorje ljubezni, ki oživlja, ki ne izključuje, ampak daje rast, blagoslavlja in osvetljuje. Tudi tisti, ki so daleč od Cerkve in morda do nje nezaupljivi, jo lahko odkrijejo kot največje presenečenje: kar je zlomljeno, se zravna; kar je bolno, se ozdravi; kar je grešno, se očisti; ponižano je povzdignjeno in zavrženo je sprejeto." (p. Marko Ivan Rupnik)

Orgle v Zavodu sv. Stanislava so leta 2000 izdelali mojstri Škofijske orglarske delavnice iz Maribora. Orgle lepšajo bogoslužje v zavodu, na njih se učijo učenci orgelskega oddelka Glasbene šole v Zavodu sv. Stanislava, pogosto se na njih izvajajo koncerti, uporabljajo pa jih tudi vrhunski evropski organisti na mojstrskih tečajih ter na dobro obiskani mednarodni poletni orgelski šoli.

Imajo 48 zvenečih registrov na treh manualih, njihova zvočna podoba (pdf) je oblikovana po najkvalitetnejših evropskih zgledih, ravno tako trakture, ki so neposredne in lahne. So edino glasbilo take velikosti v Sloveniji, ki ima tudi dvojno registrsko trakturo s sekvencerjem, ki omogoča oblikovanje več tisoč računalniško shranjenih registrskih kombinacij. Zasnova orgel je nastala v sodelovanju z Daliborjem Miklavčičem, ki že vse od njihove postavitve, od leta 2003 pa skupaj s Klemenom Karlinom, poučuje orgle v zavodski glasbeni šoli. Ob blagoslovitvi orgel je zavod izdal tudi zgoščenko z znanimi evropskimi virtuozi (Christoph Bossert, Philip N. Scriven, Lorenzo Ghielmi, Peter Planyavsky).

Mala kapela zavoda je posvečena Žalostni Materi Božji. Zasnoval in opremil jo je akademski slikar Lojze Čemažar. V njej se dnevno zbirajo dijaki pri jutranji maši ob 7.15.

Na vrh